在物流运输过程中，需要对机械设备进行特别的包装和加固，以防止其在运输过程中受到损坏。同时，还需要考虑到温度、湿度、气压等环境因素对机械设备的影响，采取相应的防护措施。为了确保运输的及时性，物流公司需要合理安排运输路线和运输方式，尽可能缩短运输时间。

此外，为了确保机械设备在运输过程中的安全，物流公司还需要采取一系列的保险措施。例如，可以为机械设备投保货运保险，以防止运输过程中出现意外导致损失。同时，还需要定期对机械设备进行检查和维护，确保其始终保持良好的工作状态。

日本旧机械设备进口报关清关流程：

1、办理日本旧机械设备CCIC检验

2、申请日本旧机械设备自动进口许可证

3、从日本港口海运到国内指定口岸

4、日本旧机械设备报检/报关办理

5、日本旧机械设备海关审价，配合提供相关资料

6、日本旧机械设备缴税/查货放行。

7、代办码头及船公司提货手续

8、提柜到工厂/机械设备整改联系海关查验

总的来说，从日本进口的机械设备物流运输是一项专业而复杂的工作。需要选择专业的物流公司，采取一系列的防护和保险措施，以确保机械设备的完好无损和及时到达目的地。只有这样，才能确保进口机械设备的顺利交付，满足客户的需求。